Версия 17:01, 7 июня 2017

Задача

Переход от кристаллической структуры к газу. В направлении абсцисс используются периодические ГУ, в направлении оси ординат один ряд частиц фиксирован, с другой стороны несколько рядов частиц (3-5) нагреваются посредством термостата Берендсена (регулируемые параметры). Частицы взаимодействуют посредством потенциала. Уравнения движения интегрируются методом Leapfrog. Система забывает об улетевших частицах.

Задача I

Написать графический интерфейс, позволяющий наблюдать движение частиц. Предусмотреть возможность отключаемого отображения: температуры (цветом), скорости (светом и отрезком), связей между частицами (отрезком). Реализовать возможность выбора частицы мышкой и вывода подробной информации (номер, скорость, сила). Список Группы:

• Нарядчиков Александр
• Лебедев Станислав
• Демченко Артем
• Киселев Лев

Задача II

Основные элементы расчетной части: Запуск расчета, создание образца с треугольной решеткой, задание начальных условий, определение связей, интегрирование уравнений движения методом Leapfrog, расчет сил парным потенциалом. Удаление улетевших частиц.

Список Группы:

• Абрамов Игорь
• Ляжков Сергей
• Сенников Иван
• Степаняц Степан
• Лосева Татьяна

Задача III

Расчет сил потенциалом Бреннера второго поколения, создание решетки графена, расчет связей, термостат Берендсена.

Список Группы:

• Давыдова Алена
• Бальцер Анастасия
• Васильева Анастасия
• Иванова Яна
• Лобанов Илья

Задача IV

Расчет сил потенциалом погруженного атома для Железа. Задание периодических граничных условий.

Список Группы:

• Рубинова Раиса
• Андреева Полина
• Белоусова Екатерина
• Тимошенко Валентина
• Уманский Александр

Решение задачи

Открывать лучше в Mozile FireFox, либо настраивать аппаратное ускорение самому (если программа не открывается)

Потенциал Бреннера второго поколения

Потенциал Бреннера второго поколения позволяет представить энергию связи в виде

[math] E_b = \sum_i \sum_{j (\gt i)} \left[ V^R (r_{ij}) - b_{ij} V^A (r_{ij}) \right]. [/math]

Силу, действующую на частицу с номером I можно рассчитать как минус градиент энергии (производная по радиус-вектору частицы i)

[math] \vec{F}_i = - \sum \limits_{j \neq i} \left[ \frac{\partial V^R(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i}-\frac{\partial b_{ij}}{\partial \vec{r}_i}V^A(r_{ij})-b_{ij}\frac{\partial V^A(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} \right], [/math]

Между атомами углерода функции отталкивания и притяжения имеют вид:

[math] \frac{\partial V^R(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} = \frac{\partial f^c(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} \left( 1+\frac{Q}{r} \right) A e^{-ar_{ij}}+f^c(r_{ij}) Q \frac{\vec{r}_{ij}}{r_{ij}^3}Ae^{-ar_{ij}}+f^c(r_{ij}) \left( 1+\frac{Q}{r} \right) A a e^{-ar_{ij}}\frac{\vec{r}_{ij}}{r_{ij}}. [/math]

[math] V^A (r) = f^c (r) \sum_{n = 1,3} B_n e^{-\beta_n r}, [/math]

где

[math] f^c (r) = \left\{ \begin{array}{l} 1, \\ \left[ 1 + \cos(\pi(r - D_{\min}) / (D_{\max} - D_{\min})) \right] / 2,\\ 0, \\ \end{array} \right. \begin{array}{l} r \lt D_{\min}, \\ D_{\min} \lt r \lt D_{\max}, \\ r \gt D_{\max}, \end{array} [/math]

[math] \frac{\partial f^c(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} = \left\{ \begin{array}{l} \vec{0}, \ \ \ \ r_{ij} \lt D_{min} \\ \sin{\left( \pi \frac{(r_{ij}-D_{min})}{(D_{max} - D_{min})} \right)} \cdot \frac{\pi \vec{r}_{ij}}{(D_{min}- D_{max})r_{ij}}, \ \ \ \ \mbox{при} D_{min} \lt r_{ij} \lt D_{max} \\ \vec{0}, \ \ \ \ r_{ij} \gt D_{max} \end{array} \right. [/math]

[math] \frac{\partial V^A(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} = \frac{\partial f^c(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} \cdot \sum \limits_{n=1,3} B_n e^{-\beta_nr_{ij}} + f^c(r_{ij}) \cdot \sum \limits_{n=1,3}B_n \beta_n e^{-\beta_nr_{ij}}\frac{\vec{r}_{ij}}{r_{ij}}. [/math]

Параметры имеют вид:

[math] \begin{array}{l} B_1 = 12 388.791 977 98 \,\mbox{eV},\; \beta_1 = 4.720 452 3127 \,\mbox{Å}^{-1},\; Q = 0.313 460 296 0833 \,\mbox{Å},\\ B_2 = 17.567 406 465 09 \,\mbox{eV},\; \beta_2 = 1.433 213 2499 \,\mbox{Å}^{-1},\; A = 10 953.544 162 170 \,\mbox{eV},\\ B_3 = 30.714 932 080 65 \,\mbox{eV},\; \beta_3 = 1.382 691 2506 \,Å^{-1},\; \alpha = 4.746 539 060 6595 \,\mbox{Å}^{-1},\\ D_{\min} = 1.7 \,\mbox{Å},\; D_{\max} = 2.0 \,\mbox{Å}. \end{array} [/math]

Множитель [math]b_{ij}[/math] равен [math]b_{ij} = (B_{ij} + B_{ji}) / 2[/math]

а, соответственно его производная [math] \frac{\partial b_{ij}}{\partial \vec{r}_i} = \frac{1}{2} \left( \frac{\partial B_{ij}}{\vec{r}_i}+ \frac{\partial B_{ji}}{\partial \vec{r}_i} \right) [/math], где

[math] B_{ij} = \left[ 1 + \sum_{k (\neq i, j)} f^c (r_{ik}) G(\cos(\theta_{ijk})) \right]^{-1/2}, [/math]

А производная[math]B_{ij}[/math] считается по следующей формуле

[math] \frac{\partial B_{ij}}{\partial \vec{r}_i} = \sum \limits_{k \neq i,j} \left[ \frac{\partial f^c(r_{ij})}{\partial \vec{r}_i} \cdot G(\cos{(\theta_{ijk})}) + f^c(r_{ik}) \cdot \frac{\partial G(\cos{(\theta_{ijk})})}{\partial \vec{r}_i} \right] . [/math]

[math] \frac{\partial G(\cos{\theta_{ijk}})}{\partial \vec{r}_i} = \frac{\partial G(\cos{\theta_{ijk}})}{\partial \cos{\theta_{ijk}}} \cdot \frac{\partial \cos{\theta_{ijk}}}{\partial \vec{r}_i}. [/math]

где [math]\theta_{ijk}[/math] – угол между связями, соединяющими атомы [math]i,j[/math] и [math]i,k[/math]. Функция [math]G(\cos\theta)[/math] строится как полином через значения функции и ее производных в точках, соответствующих равновесным конфигурациям алмаза ([math]\theta = \arccos(-1/3)[/math]) и графена ([math]\theta = 2 \pi / 3[/math]):

Производные от косинуса по радиус-векторам i-ой и j-ой частицы высчитываются так (где i – вершина угла):

[math] \frac{\partial \cos{\theta_{ijk}}}{\partial \vec{r}_i} = \frac{\vec{r}_{ij} \times \left( \vec{r}_{ij} \times \vec{r}_{ik} \right)}{r_{ij}^3 r_{ik}} + \frac{\vec{r}_{ik} \times \left( \vec{r}_{ik} \times \vec{r}_{ij} \right)}{r_{ik}^3 r_{ij}},\ \ \ \ \mbox{i —- вершина} [/math]

[math] \frac{\partial \cos{\theta_{ijk}}}{\partial \vec{r}_j} = \frac{\vec{r}_{ij} \times \left( \vec{r}_{ik} \times \vec{r}_{ij} \right)}{r_{ij}^3 r_{ik}}. [/math]

Потенциал погруженного атома

Модель погружённого атома (англ. embedded atom model, EAM) используется для приближенного описания энергии взаимодействия между двумя атомами. Полная энергия системы состоит из двух слагаемых – энергии парного взаимодействия атомов и энергии взаимодействия каждого атома с электронной плотностью, создаваемой другими атомами.

Для расчета энергии парного взаимодействия используется следующая формула: [math] E(\vec{r}_1,...,\vec{r}_N)= \frac{1}{2} \sum \limits_{i neq j} \left[ (φ(r_{ij})) \right], где φ(r_{ij})−потенциал взаимодействия i−го и j−го атомов, находящихся на расстоянии r_{ij}. [/math]

Расчет энергии взаимодействия каждого атома с электронной плотностью, создаваемой другими атомами, идет по формуле E=F(∑ _i≠j ρ_α(r_ij)), где r_ij — расстояние между i−м и j−м атомами, ρ_α — вклад в плотность заряда электронов от j−го атома в месте расположения i−го атома и F — это функция«погружения», которая представляет энергию,необходимую для помещения i−го атома в электронное облако.

Таким образом, энергия i-го атома равна E_i = F_α(∑_i≠j ρ_α(r_ij))+1/2 ∑_i≠j(φ(r_ij))

Для расчета силы от функции погружения используется дифференцирование по плотности: F_pogr = −∂F_α/∂ρ (∑_i ∂ρ_i/∂r_ij ∂r_ij/∂r_i)

Для расчета силы от парного потенциала используется дифференцирование по расстоянию: F_parn = − ∂П/∂ρ ∂ρ/∂R R/∂R)

Общая сила равна сумме сил, действующих со стороны обоих потенциалов: F = F_pogr + F_parn