Редактирование: LAMMPS
Внимание! Вы не авторизовались на сайте. Ваш IP-адрес будет публично видимым, если вы будете вносить любые правки. Если вы войдёте или создадите учётную запись, правки вместо этого будут связаны с вашим именем пользователя, а также у вас появятся другие преимущества.
Правка может быть отменена. Пожалуйста, просмотрите сравнение версий, чтобы убедиться, что это именно те изменения, которые вас интересуют, и нажмите «Записать страницу», чтобы изменения вступили в силу.
Текущая версия | Ваш текст | ||
Строка 13: | Строка 13: | ||
Существуют различные способы реализации параллельных вычислений. В программе LAMMPS осуществляется взаимодействие c помощью передачи сообщений: на каждом процессоре многопроцессорной системы запускается одно-поточный процесс, который обменивается данными с другими процессами, работающими на других процессорах, с помощью сообщений. | Существуют различные способы реализации параллельных вычислений. В программе LAMMPS осуществляется взаимодействие c помощью передачи сообщений: на каждом процессоре многопроцессорной системы запускается одно-поточный процесс, который обменивается данными с другими процессами, работающими на других процессорах, с помощью сообщений. | ||
Распараллеливание является пространственным, то есть каждый поток отвечает за свою часть пространства, каждому потоку соответствует свое ядро, которое интегрирует движение подмножества частиц. В пакете реализована квазимногозадачность на уровне одного исполняемого процесса, то есть все потоки выполняются в адресном пространстве процесса. Так же выполняющийся процесс имеет как минимум один (главный) поток. | Распараллеливание является пространственным, то есть каждый поток отвечает за свою часть пространства, каждому потоку соответствует свое ядро, которое интегрирует движение подмножества частиц. В пакете реализована квазимногозадачность на уровне одного исполняемого процесса, то есть все потоки выполняются в адресном пространстве процесса. Так же выполняющийся процесс имеет как минимум один (главный) поток. | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
Так как в пакете используется много-поточность, то есть процесс состоит из нескольких потоков, которые запускаются параллельно, при этом без определенного порядка по времени. Данное свойство помогает обеспечить более эффективное использование ресурсов вычислительной машины. | Так как в пакете используется много-поточность, то есть процесс состоит из нескольких потоков, которые запускаются параллельно, при этом без определенного порядка по времени. Данное свойство помогает обеспечить более эффективное использование ресурсов вычислительной машины. | ||
Использование OpenMPI процессов. MPI-схема представляет собой, распределенную работу, при которой определенный поток обрабатывает некоторый пространственный домен. В LAMMPS используется открытый стандарт для распараллеливания, который позволяет описать совокупность подключенных директив препроцессора, библиотек и переменных. Базовым механизмом связи между MPI процессами является передача и приём сообщений. Сообщение несёт в себе передаваемые данные и информацию, позволяющую принимающей стороне осуществлять их выборочный приём: | Использование OpenMPI процессов. MPI-схема представляет собой, распределенную работу, при которой определенный поток обрабатывает некоторый пространственный домен. В LAMMPS используется открытый стандарт для распараллеливания, который позволяет описать совокупность подключенных директив препроцессора, библиотек и переменных. Базовым механизмом связи между MPI процессами является передача и приём сообщений. Сообщение несёт в себе передаваемые данные и информацию, позволяющую принимающей стороне осуществлять их выборочный приём: | ||
Строка 24: | Строка 20: | ||
* признак — может использоваться для разделения различных видов сообщений; | * признак — может использоваться для разделения различных видов сообщений; | ||
* коммуникатор — код группы процессов. | * коммуникатор — код группы процессов. | ||
− | * Операции приёма и передачи могут быть блокирующиеся и | + | * Операции приёма и передачи могут быть блокирующиеся и неблокирующися. Для неблокирующийся операций определены функции проверки готовности и ожидания выполнения операции. |
Другим способом связи является удалённый доступ к памяти (RMA), позволяющий читать и изменять область памяти удалённого процесса. Локальный процесс может переносить область памяти удалённого процесса (внутри указанного процессами окна) в свою память и обратно, а также комбинировать данные, передаваемые в удалённый процесс с имеющимися в его памяти данными (например, путём суммирования). Все операции удалённого доступа к памяти не блокирующиеся, однако, до и после их выполнения необходимо вызывать блокирующиеся функции синхронизации. | Другим способом связи является удалённый доступ к памяти (RMA), позволяющий читать и изменять область памяти удалённого процесса. Локальный процесс может переносить область памяти удалённого процесса (внутри указанного процессами окна) в свою память и обратно, а также комбинировать данные, передаваемые в удалённый процесс с имеющимися в его памяти данными (например, путём суммирования). Все операции удалённого доступа к памяти не блокирующиеся, однако, до и после их выполнения необходимо вызывать блокирующиеся функции синхронизации. | ||
− | == | + | == Процесс == |
− | В открытом для пользователя, так называемом Open Source коде, написанном на языке C++ представлены различные классы, отвечающие за много-поточность выполняемых задач. | + | В скомпилированном открытом для пользователя, так называемом Open Source коде, написанном на языке C++ представлены различные классы, отвечающие за много-поточность выполняемых задач. |
− | |||
Рассмотрим главную "main" программу, в ней создается класс LAMMPS, инициализируется header mpi.h и в конечном итоге синхронизируются все потоки. | Рассмотрим главную "main" программу, в ней создается класс LAMMPS, инициализируется header mpi.h и в конечном итоге синхронизируются все потоки. | ||
− | Вначале подгружается mpi.h, | + | Вначале подгружается mpi.h хедер(header)- средство позволяющее обобщить информацию между различными модулями, в нем содержится информация об используемых функциях.Затем подключается input и далее ''Класс'' LAMMPS действует по следующей схеме : |
LAMMPS->input->file | LAMMPS->input->file | ||
input.h считывает входной script и содержит методы, которые соответствуют командам класса LAMMPS. | input.h считывает входной script и содержит методы, которые соответствуют командам класса LAMMPS. | ||
− | + | ||
+ | в то время как input.cpp сопоставляет каждой определенной команде свой метод и вызывается file(методы).Сообщение из input посылается на процессы. | ||
* Таким образом можно обозначит что, класс LAMMPS загружает mpi и input, где прописаны простейшие функции, функции top-level(а) описаны в самом классе LAMMPS. | * Таким образом можно обозначит что, класс LAMMPS загружает mpi и input, где прописаны простейшие функции, функции top-level(а) описаны в самом классе LAMMPS. | ||
Строка 43: | Строка 39: | ||
* Началом распараллеливания можно считать класс ''create_box'', в котором вызывается класс '' domain '', include подключает заголовочные файлы, чтобы компилятор видел, где искать нужные функции, в каждом классе изначально подгружается нужная директивы препроцессора, первоначальным можно считать взаимодействие классов ''domain'', ''comm.cpp'', ''atom_vec''. | * Началом распараллеливания можно считать класс ''create_box'', в котором вызывается класс '' domain '', include подключает заголовочные файлы, чтобы компилятор видел, где искать нужные функции, в каждом классе изначально подгружается нужная директивы препроцессора, первоначальным можно считать взаимодействие классов ''domain'', ''comm.cpp'', ''atom_vec''. | ||
− | * Подключив comm.h в ''domain'' | + | * Подключив comm.h в ''domain.cpp'' описывается параметрический расчет области, как локально в одном потоке, так и во всем общем процессе(set local_box;set global_box) так же описываются периодические граничные условия. |
− | + | ||
− | * Подключаем atom_vec.h в ''comm''и все основные функции MPI | + | * Подключаем atom_vec.h в ''comm.cpp''и все основные функции MPI. |
Получаем размер коммуникатора world, (общее число процессов в рамках задачи); номер текущего процесса в рамка коммуникатора world, происходит рассылка количества интервалов всем процессам (в том числе и себе). | Получаем размер коммуникатора world, (общее число процессов в рамках задачи); номер текущего процесса в рамка коммуникатора world, происходит рассылка количества интервалов всем процессам (в том числе и себе). | ||
− | Далее происходит заполнение массива, где хранятся методы для взаимодействия частиц.Создается ID-карта для 3d сетки процессоров, основанная на количестве процессов, размере области и образа форм. Задаются размеры по-атомно при переднем/заднем/граничном значения увеличения скорости и фиксируется количество частиц. | + | Далее происходит заполнение массива, где хранятся методы для взаимодействия частиц.Создается ID-карта для 3d сетки процессоров, основанная на количестве процессов, размере области и образа форм.Задаются размеры по-атомно при переднем/заднем/граничном значения увеличения скорости и фиксируется количество частиц. |
Вскоре обновляются параметры взаимодействия, задаются размеры сетки процессоров и идет проверка ошибок на сетке процессов. Информация выводится на экран. | Вскоре обновляются параметры взаимодействия, задаются размеры сетки процессоров и идет проверка ошибок на сетке процессов. Информация выводится на экран. | ||
− | * ''atom_vec''подключает класс ''domain'' и создает копии аргументов для перезапуска и повторений. Копируются данные по переназначению скорости из domain. Собирают и записываются значения скоростей, граничные данные, если данные негативные, то происходит откат к позитивным. | + | * ''atom_vec''подключает класс ''domain'' и создает копии аргументов для перезапуска и повторений.Копируются данные по переназначению скорости из domain.Собирают и записываются значения скоростей, граничные данные, если данные негативные, то происходит откат к позитивным. |
Записываются угловые взаимодействия,информация о внутренних угловых значениях. Все необходимые значения упаковываются и импортируются в файл с данными. | Записываются угловые взаимодействия,информация о внутренних угловых значениях. Все необходимые значения упаковываются и импортируются в файл с данными. | ||
− | + | ||
− | Таким образом если обобщить все выше описанное можно описать некую модель взаимодействия и расчета области разбитой по потокам. | + | Таким образом если обобщить все выше описанное можно описать некую модель взаимодействия и расчета области разбитой по потокам. |
− | Существует некое количество процессоров, к каждому процессору относятся свои и соседние атомы, для описания расчета сил используется класс force.cpp и pair_xxx.cpp для частиц. | + | Существует некое количество процессоров, к каждому процессору относятся свои и соседние атомы, для описания расчета сил используется класс force.cpp и pair_xxx.cpp для частиц.И чтобы просчитать все взаимодействия на процессоре необходимы данные с предыдущего.Такой способ подсчета является эффективным и в большинстве задач более выгодным для реализации. |